В 1988 году, по решению Правительства Российской Федерации, при Министерстве финансов был создан Межотраслевой институт повышения квалификации финансовых и банковских работников, преобразованный впоследствии в Финансовый институт повышения квалификации.

Основной сферой деятельности Финансового института повышения квалификации являлось повышение квалификации руководящих работников и специалистов органов финансовой системы России.

За время напряженной работы коллектива преподавателей института, повышение квалификации прошли более 16000 специалистов из Министерства финансов РФ, Центрального банка РФ, Государственной налоговой службы и других финансовых организаций.

1996 год стал годом начала деятельности Академии. Распоряжением Правительства Российской Федерации от 18.07.1996 года № 1151-р на базе Финансового института повышения квалификации была создана Академия бюджета и казначейства Министерства финансов РФ (АБиК) и определена вузовская программа образования. Учредитель Академии — Правительство Российской Федерации. Функции учредителя поручены Министерству финансов Российской Федерации в соответствии с Типовым положением «Об образовательном учреждении высшего профессионального образования (высшем учебном заведении) Российской Федерации», утвержденным Советом Министров — Правительством Российской Федерации 26.06.1996 г. № 597.

Академия имеет лицензию Министерства общего и профессионального образования РФ № 16Г-035 от 19 мая 1997 г. на право ведения образовательной деятельности в сфере профессионального образования и государственную аккредитацию (приказ Министерства общего и профессионального образования РФ от 25 февраля 1998 г. № 530).